Background check: Mutational input to size variation depends on ancestor's breeding value
该研究通过对果蝇突变积累系的分析发现，同一自然种群内不同育种值的基因型在突变方差、突变偏向及微环境方差上存在显著异质性，表明突变输入具有基因型依赖性，进而影响多基因性状的遗传变异与进化轨迹。
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evolutionary biology
448 篇论文
Inferring somatic mutation dynamics from genomic variation across branches within long-lived tropical trees
本研究通过构建数学模型，结合东南亚热带龙脑香科树木的基因组变异数据，量化了茎尖分生组织细胞动力学驱动的体细胞遗传漂变，从而揭示了长期生长过程中体细胞突变积累的动态机制及遗传嵌合体的形成规律。
Comparative Genomic Insights into the Evolution of Aquatic and Terrestrial Adaptations in Plants
该研究通过对八种水生和四种陆生植物的比较基因组分析，揭示了水生植物在营养吸收机制上选择压力减弱、氧化应激适应增强，而陆生植物则更侧重于环境感知，且两者在叶绿体蛋白进化上存在显著差异，反映了其对气体可利用性的不同适应策略。
Evidence of a predator-prey co-evolutionary arms race within a nematode microhabitat
该研究通过在自然栖息地（甲虫尸体）中证实捕食性线虫*Pristionchus pacificus*与猎物*Oscheius myriophilus*之间存在捕食关系，并发现猎物表现出部分抗性以及通过混合生殖策略（如卵胎生和母体自杀）来适应捕食压力，从而揭示了一种在自然群落中共同进化的捕食者 - 猎物军备竞赛模型。
Quaternary climatic changes and biogeographic barriers drove codiversification in the obligate mutualism between Camponotus laevigatus and its endosymbiont Blochmaniella.
该研究利用全基因组测序证实，加州 Quaternary 气候变迁与中央谷地生物地理屏障共同驱动了木匠蚁（*Camponotus laevigatus*）与其专性内共生菌 *Blochmaniella* 在种群水平上的协同分化。
k-Nearest Common Leaves algorithm for phylogenetic tree completion
本文提出了一种名为 k-Nearest Common Leaves (k-NCL) 的算法，用于在保留分支长度和拓扑特征的前提下完成具有不同但重叠分类单元的有根系统发育树，从而有效解决了现有方法在处理此类树时忽略分支长度或丢失信息的问题，并显著提升了基于 Robinson-Foulds 距离的聚类性能。
Contrasting effects of geographic distance, environmental distance, and intraspecific diversity on the performance of a marine invertebrate in common gardens
该研究通过东方牡蛎的田间试验发现，地理距离、环境距离或种内多样性单一框架均无法可靠预测移植成功率，表明有效的管理策略需整合基因组与环境证据来指导基因型选择。
On the causes of correlated genomic ancestry across contrasting hybridization histories in a monkeyflower species pair.
该研究通过对两种猴花（*Mimulus guttatus* 和 *Mimulus nasutus*）杂交种群的基因组分析，揭示了尽管不同种群的杂交程度存在差异，但其基因组层面的杂交祖先模式却因迁移扩散和并行选择等平行过程而呈现高度相关性，表明杂交结果是由生态、人口统计和基因组特征共同塑造的复杂过程。
First paleoproteomics evidence of Panicum miliaceum consumption in human dental calculus
这项研究通过重分析来自庞蒂克 - 里海地区和黎凡特海岸的 63 个古代牙结石样本，首次利用古蛋白质组学证据确认了人类食用黍（Panicum miliaceum）的历史，从而显著修正了该作物在欧亚大陆传播的时间线和地理路径。
The Neanderthal population history and the introgression landscape inferred from the UK Biobank
该研究利用英国生物样本库中 4.5 万份基因组数据，通过高分辨率分析揭示了尼安德特人渗入的基因组景观，推断出渗入谱系的分化时间与有效种群规模，并识别出受持续选择影响的 545 个位点以及包含人类加速区的渗入荒漠区域，从而深化了对现代人类适应性进化及尼安德特人遗传贡献的理解。
Convergent natural selection at both ends of Eurasia during parallel radical lifestyle shifts in the last ten millennia
该研究通过对过去一万年中 1862 名古代东亚人的基因组分析，揭示了东亚与西亚在转向农业经济及生活方式剧变过程中，免疫和代谢相关性状经历了显著的趋同自然选择，但肤色变浅的遗传机制在两地却存在截然不同的演化时间线。
Global whole-genome phylogenomics of Nakaseomyces glabratus reveals admixture and refines sequence type-based classification
该研究通过对来自 12 个国家的 548 株光滑念珠菌全基因组测序数据的分析，证实了基于全基因组测序的聚类与传统的多位点序列分型（MLST）高度一致，从而提出了结合两者优势的命名方案，并揭示了该病原菌群体中存在广泛的基因混合、非整倍体及拷贝数变异等基因组特征。
Novel mechanisms of chemosensory adaptation to the cave environment
该研究发现，墨西哥盲鱼并非通过增加嗅觉受体基因数量或神经元密度来补偿视觉缺失，而是通过进化出更活跃的纤毛和降低嗅窝水流速度等生理机制，从而在低浓度下更有效地感知气味并提升觅食能力。
When can fitness epistasis be ignored in a polygenic trait at equilibrium?
该研究利用扩散理论分析了在稳定选择与对称突变下多基因性状的等位基因频率分布，发现尽管忽略上位性相互作用仍能准确预测表型均值和加性方差，但上位性会显著改变等位基因频率分布（使其在效应值超过阈值时由单峰变为双峰），因此不能简单忽略。
Eukaryote-to-eukaryote gene transfer pervades the genome evolution of Rhizaria
该研究通过对 29 种有孔虫类生物的基因组分析，揭示了真核生物间的基因水平转移在 Rhizaria 类群进化中普遍存在且影响深远，其发生频率和基因组整合度甚至超过了原核生物来源的转移，是驱动该类群基因组创新的重要力量。
Diptera flight diversity is shaped by aerodynamic constraints, scaling, and evolutionary trade-offs
该研究通过对双翅目昆虫进行涵盖形态学、运动学与空气动力学的综合比较分析，揭示了其飞行多样性是由空气动力学约束、体型缩放规律以及进化权衡（如蚊子为求偶信号而付出的空气动力学与声学代价）共同塑造的。
Insecticide alters the evolution of glyphosate resistance in Ipomoea purpurea
该研究通过田间实验发现，杀虫剂暴露不仅提高了牵牛花对除草剂草甘膦的抗性，还削弱了针对该抗性的选择强度，表明次级胁迫因子（如杀虫剂）会改变植物防御性状的进化轨迹。
Stepwise origin and evolution of a cryptic antimicrobial peptide in mammalian lactoferrin
该研究通过复活哺乳动物祖先的乳铁蛋白，揭示了其内嵌的抗菌肽乳铁乳素如何通过逐步积累带正电荷和疏水性氨基酸，从最初破坏细菌膜演化为具有强效杀菌功能的免疫分子，并指出近期自然选择（特别是大猿类中的关键位点）进一步增强了其抗病原体的能力。
Phylo-Movies: Animating Phylogenetic Trees from Sliding-Window Analyses
Phylo-Movies 是一款浏览器及桌面应用程序，通过将连续系统发育树之间的拓扑差异分解为可解释的子树迁移并进行动画展示，有效解决了滑动窗口分析中比较树结构变化的难题，从而辅助识别重组断点和检测不稳定的分类群。
The fate of mutations on Y chromosomes andautosomes: a unified Wright-Fisher frameworkaccounting for segregation time
该研究构建了一个统一的两性二倍体 Wright-Fisher 模型，结合扩散近似与数值工具，在考虑分离时间的基础上深入分析了 Y 染色体与常染色体上突变（包括过显性突变）的固定概率及演化命运，揭示了 Y 染色体特有特征如何显著影响突变在有限时间尺度内的演化轨迹。